Las bacterias son microscópicos, unicelulares criaturas que tienen una estructura primitiva. El cuerpo de las bacterias se sella por una membrana relativamente sólida de células. El ozono interfiere en el metabolismo de la bacteria en las células, a través de la inhibición y el bloqueo de la operación del sistema de control enzimática. Una cantidad suficiente de ozono rompe la membrana celular y esto conduce a la destrucción de las bacterias.
Los virus son partículas pequeñas e independientes, construidos de cristales y macromoléculas, a diferencia de las bacterias, se multiplican sólo dentro de la célula huésped. Se transforman las proteínas de la célula huésped en sus propias proteínas del virus. El ozono destruye los virus por distribuirse a través de la capa de la proteína en el núcleo de ácido nucleico, que resulta en daño del ARN viral. A altas concentraciones, el ozono destruye la cápside, o capa exterior por la oxidación de las proteínas para el ADN (ácido desoxirribonucleico) o ARN (ácido ribonucleico), por lo que las estructuras de los microorganismos se ven afectados, destruidos y en definitiva eliminados.
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